细胞色素模拟测试——客户检测案例

2021年07月08日，客服中心反馈广州某医院的模拟需求，接到反馈后，材料检测实验室工程师第一时间与客户进行详细沟通，情况如下：

客户背景

客户是广州某家医院，由于发表文章，急需模拟细胞色素c包埋在氢键有机框架后的活性中心结构变化。

样品名称

细胞色素

客户需求

yt c包埋的氢键有机框架的结构如下所示，Cyt c位于框架的缺陷位置。注意，框架材料需要去除适当的配体才能容纳Cyt c分子（具体去除多少个配体需要优化）。其中配体和Cyt c表面的氨基酸残基的氨基形成氢键作用，形成的复合结构示意图如下（即Cyt c通过氢键嵌在框架的缺陷位置）。通过全原子显式溶剂分子动力学模拟，计算Cyt c的活性中心 Fe卟啉配位情况和周围氨基酸位置在嵌入材料前后的结构变化，需要得到关键氨基酸Met80、His18 和Tyr 67的概率分布。

解决方案

利用Material studio构建纳米框架材料多层晶片结构获取。需要根据细胞色素c蛋白直径大小，设定纳米材料晶格长度与单元总量。最终搭建能够容纳蛋白的适当多层纳米材料，利用NAMD软件，对单层纳米框架材料结构，进行适度动力学模拟，获取真空理想状态下整个单层纳米框架材料进行结构优化，达到最优晶型结构。

客户反馈

蛋白结构预测客户很满意，表示后续文章修订补数据如果需要，仍继续合作。