随着我国食品安全的监管力度逐步加强，我国现行食品安全法规标准体系中主要关注的违禁添加物、农兽药残留、重金属元素等传统安全问题已经得到较好的控制。但食品中存在较多的标示不清、以次充好等与食品质量问题相关非传统安全风险比较突出，如过敏原问题、以次充好问题等等。食物过敏是免疫机制介导的食物免疫不良反应，即人体的免疫系统对某一特定食物产生的一种非正常的免疫反应。过敏原是食品中能够引起机体免疫系统异常反应的成分，主要是蛋白质。牛乳是主要的致敏物质。本工作基于经典蛋白质组学方法，研究了采用液相色谱-质谱平台进行食品过敏原检测的关键技术，建立了常见牛奶过敏原定性鉴定和定量检测方法，并建立了食品过敏原检测行业标准及国家标准。乳品中经济利益驱使的产品掺假现象普遍存在。本工作还介绍了基于质谱检测技术建立的A1A2乳制品鉴别方法；以及乳果糖检测技术，用于乳品加工工艺的鉴别。